สำนักงานศูนย์สมุททานุภาพกองทัพเรือ มีภารกิจในการ ติดตาม ศึกษา วิเคราะห์เพื่อจัดทำข้อเสนอแนะเชิงนโยบายระดับชาติที่เกี่ยวข้องกับการพัฒนาสมุททานุภาพของประเทศ วิจัยและพัฒนายุทธศาสตร์ หลักนิยมและยุทธวิธี รวมทั้งจัดกิจกรรมเพื่อแลกเปลี่ยนเรียนรู้เพื่อเสริมสร้างความร่วมมือด้านความมั่นคงทางทะเล โดยมีโครงสร้างการจัดหน่วย  ดังนี้

          ๑. ส่วนงานบริหาร มีหน้าที่ ควบคุม กำกับดูแลการดำเนินงานของ ศูนย์สมุททานุภาพกองทัพเรือ ให้เป็นไปตามระเบียบ แบบแผนของทางราชการ พร้อมกับดำเนินการเกี่ยวกับงานด้านสมุททานุภาพ จัดทำข้อเสนอแนะเชิงนโยบายระดับชาติ เกี่ยวกับการพัฒนาสมุททานุภาพของประเทศ 

          ๒. ส่วนงานวิชาการและวิจัย มีหน้าที่วางแผน วิจัย ควบคุมและประเมินผล ผลิตผลงานทางวิชาการ  รับผิดชอบงานห้องสมุด ห้องนิทรรศการ ห้องสารสนเทศ กำกับดูแลด้านการจัดซื้อ การคลัง การพัสดุ แผนงาน โครงการ งบประมาณประจำปี วิเคราะห์และควบคุมการใช้จ่ายงบประมาณให้เป็นไปตามแผนและสอดคล้องกับนโยบาย เพื่อให้งานพัฒนาสมุททานุภาพของประเทศ  บรรลุตามวัตถุประสงค์

          ๓. ส่วนงานผลิตสื่อและเผยแพร่ มีหน้าที่ผลิตสื่อประชาสัมพันธ์ และเผยแพร่องค์ความรู้เกี่ยวกับสมุททานุภาพ

          ๔. ส่วนงานฝึกอบรมและแลกเปลี่ยนเรียนรู้ มีหน้าที่ดำเนินการฝึกอบรม และจัดกิจกรรมเพื่อเสริมสร้างความร่วมมือด้านความมั่นคงทางทะเลทั้งหน่วยงานภายในประเทศและต่างประเทศ

อาคารที่พัก/อาคารประชุมสัมมนา มีภารกิจในการให้บริการ ห้องพัก ห้องประชุม ห้องสัมมนา รวมทั้งให้บริการอาหารและเครื่องดื่ม การจัดเลี้ยงต่างๆและกิจกรรมทางน้ำแก่ข้าราชการ ลูกจ้างและครอบครัวของกองทัพเรือ รวมทั้งข้าราชการและครอบครัว ตลอดจนบุคคลพลเรือนทั่วไป โดยมีโครงสร้างการจัดหน่วย  ดังนี้

        ๑. ส่วนงานบริหาร มีหน้าที่ ควบคุม กำกับดูแลการดำเนินงานของกิจการให้เป็นไปตามระเบียบ แบบแผนราชการ พร้อมกับตรวจสอบ กลั่นกรอง และ ดำเนินการเกี่ยวกับงานธุรการและกำลังพล การติดต่อสื่อสารกับส่วนราชการ ต่าง ๆ เกี่ยวกับเรื่องที่อยู่ในแผนงานและมิใช่นโยบายสำคัญ ดูแลด้านการจัดซื้อ การคลัง พร้อมทั้งวางแผน ประสานงาน กำกับ และดำเนินการเกี่ยวกับการงบประมาณ  การพัสดุ และจัดทำงบประมาณประจำปี ประกอบด้วย ฝ่ายต่างๆ ได้แก่ ฝ่ายบริหารและแผนงาน  ฝ่ายจัดซื้อจัดจ้าง ฝ่ายการเงิน และ ฝ่ายคลังพัสดุ

        ๒. ส่วนงานบริการ มีหน้าที่ จัดเตรียมและบริการห้องพัก การจัดเลี้ยง การประชุม/สัมมนา  การบริการผู้มาใช้สถานที่ การรับรองแขก การจัดงานประชุมและรับรองต่าง ๆ  ให้การบริการอาหารและเครื่องดื่ม  รวมทั้งงานบริหารจัดการทำความสะอาดสถานที่ต่างๆ ทั้งในและนอกอาคาร  ประกอบด้วย ฝ่ายต่าง ๆ ได้แก่ ฝ่ายบริการห้องพัก ฝ่ายบริการอาหารและเครื่องดื่ม และ ฝ่ายบริการห้องประชุมและกิจกรรมทางน้ำ

          ๓. ส่วนงานสนับสนุน  มีหน้าที่ ดูแลพื้นที่สภาพแวดล้อมโดยรวม  ปรับปรุงซ่อมแซมอาคารสถานที่ และ สิ่งแวดล้อมภายในศูนย์สมุททานุภาพกองทัพเรือและบริเวณโดยรอบ เพื่อให้สถานที่และสิ่งแวดล้อมในการทำงานมีความปลอดภัย ถูกสุขลักษณะ และมีบรรยากาศที่ดีในการทำงาน  จัดทำงบประมาณในการซ่อมบำรุง  และ บำรุงรักษาอุปกรณ์ เครื่องจักรและระบบประกอบอาคารให้เป็นไปตามแผนงานที่กำหนดไว้  ควบคุมกำกับดูแลการใช้และบำรุงรักษายานพาหนะให้อยู่ในสภาพพร้อมใช้งาน ตลอดจนดูแลระบบการรักษาความปลอดภัยในพื้นที่  ประกอบด้วย ฝ่ายต่าง ๆ ได้แก่ ฝ่ายช่าง ฝ่ายบำรุงรักษาสถานที่ ฝ่ายรักษาความปลอดภัย และฝ่ายขนส่ง

          ๔. ศูนย์กีฬาทางน้ำ มีหน้าที่ ให้บริการกิจกรรมกีฬาทางน้ำ และ ส่งเสริมกิจกรรมที่เกี่ยวข้อง ได้แก่การฝึกอบรมกีฬาทางน้ำ การซ่อมบำรุงอุปกรณ์กีฬาทางน้ำ  การท่องเที่ยวเชิงกีฬา และอื่นๆ ประกอบด้วย ฝ่ายต่าง ๆ ได้แก่ ฝ่ายกีฬาทางน้ำ ฝ่ายฝึกอบรม ฝ่ายซ่อมบำรุง ฝ่ายห้องพักและฝ่ายอาหารและเครื่องดื่ม